Grande era il numero di divinità venerate nei diversi templi della città di Hatra. Dalle numerosissime iscrizioni, scritte nel dialetto aramaico locale hatreno, e dai rilievi e statue cultuali si rileva un mondo divino politeistico, che è una fusione di elementi mesopotamici, siriani, arabi e greco-romani.

Hatra era nota in primo luogo come “Hatra di Shamash” (il recinto del dio Sole) e, all’inizio del III sec. d.C., lo storico romano Dione Cassio scrive che a Hatra le molte offerte votive erano dedicate al dio Sole, al quale la città era consacrata. Inoltre un’iscrizione trovata nel Temenos (il recinto sacro) ricorda che il grande tempio Esagil (dal nome del famoso santuario di Marduk a Babilonia) fu costruito per Shamash.

Sulla base delle iscrizioni, molto popolare era il culto della Triade formata da Maran (Nostro Signore), Martan (Nostra Signora) e Bar Marayn (figlio di Nostro Signore e Nostra Signora). A queste divinità erano dedicati alcuni dei templi all’interno del Temenos. Ma se Maran può essere assimilato al dio Sole (Shamash), rimane invece dubbio con chi identificare Martan e Bar Marayn. E’ comunque probabile che almeno una possa essere collegata con la divinità lunare.

Un altro edificio sacro del Temenos era dedicato alla dea araba Allat, il cui simbolo era il cammello. I rilievi, che decorano i muri interni di questo tempio, mostrano l’arrivo della dea a Hatra. E’ incerto quando tale culto sia stato introdotto nella città, ma in ogni caso molti elementi suggeriscono che la devozione alla dea araba fosse fortemente sostenuta dalla casa reale, che costruì il tempio.

Tutte le divinità del Temenos (Triade, Allat, ma anche Shahiru e un dio-Aquila) appaiono anche su iscrizioni trovate nei templi minori, sparsi all’interno della città. Culti di molte altri dei erano invece praticati soltanto in questi santuari minori. In alcuni erano venerate divinità siriane, come Baal-Shamin (dio del Cielo) e Atargatis, mentre altri santuari erano dedicati a divinità mesopotamiche (Nergal, Nabu e Nannai). Questo sottolinea una differenza tra i culti centralizzati, appoggiati dalla casa reale ed importanti per la città nel suo insieme, e le divinità sacre ad una particolare famiglia o tribù. Sebbene i templi minori siano stati convenzionalmente intitolati ad un unico dio, bisogna comunque tener presente che in quasi tutti era venerata più di una divinità.

Inoltre negli scavi sia degli edifici sacri sia delle case sia delle porte della città sono state rinvenute statue di Eracle con mazza e pelle di leone. Il processo con cui fu introdotta nel Vicino-Oriente questa popolare divinità del mondo religioso greco-romano e la sua fusione con esseri divini della tradizione locale, come Nergal o Verethragna, è definito “sincretismo”.

I servizi religiosi erano assolti da sacerdoti i cui diversi titoli indicano probabilmente sia funzioni religiose diverse all’interno dei culti della città sia la coesistenza di cleri che provenivano da differenti scenari culturali (aramaico, mesopotamico e persiano).

Al centro della maggior parte dei templi e santuari era posto un grande altare di marmo sul quale probabilmente si compivano sacrifici e altri rituali ancora sconosciuti. Piccoli altari erano forse usati per libagioni e offerte d’incenso.

Anche gli stendardi, che probabilmente rappresentavano gli dei durante le processioni, avevano un ruolo importante nel mondo religioso di Hatra e su questi erano raffigurarti divinità o simboli astrologici. Numerose immagini apotropaiche scolpite sugli edifici possono indicare l’uso di formule magiche e gli oroscopi suggeriscono una conoscenza dell’astrologia. Sappiamo inoltre che gli dei a volte impartivano ordini e istruzioni in sogno.